Szuperszámítógép a Fujitsutól rákgyógyszer-fejlesztési szimulációkhoz
3 perc olvasás
A Fujitsu szupercomputer
A Fujitsu és a Tokiói Egyetem fejlett tudományos-technikai kutatóközpontja (RCAST) bejelentették, hogy közösen készítettek szuperszámítógépes rendszert a rákos betegségek kiújulását és az áttétek kialakulását megelőző gyógyszerek fejlesztésének támogatására. Az új rendszer 2010. augusztus 1-én állt üzembe.
A Fujitsu szupercomputer
A Fujitsu és a Tokiói Egyetem fejlett tudományos-technikai kutatóközpontja (RCAST) bejelentették, hogy közösen készítettek szuperszámítógépes rendszert a rákos betegségek kiújulását és az áttétek kialakulását megelőző gyógyszerek fejlesztésének támogatására. Az új rendszer 2010. augusztus 1-én állt üzembe.
Az új szuperszámítógépes fürtöt PRIMERGY BX922 S2 pengeszerverek alkotják. A 38,3 teraflop(1) elméleti csúcskapacitású, 300 node-os rendszerrel végrehajtott szimulációk a rákos betegségek kiújulását és az áttétek képződését megelőző, génalapú antitest-gyógyszerek fejlesztését támogatják.
A Tokiói Egyetem mellett működő kutatóközpont kutatási projektjének címe: „A többfunkciós antitestek gyakorlati alkalmazása a rák kiújulásának és az áttétek képződésének megelőzésében molekuláris dinamikai tervezés segítségével". A Tatsuhiko Kodama professzor irányításával zajló projekt úttörő módon kívánja felhasználni a számítógépes szimulációt a géntérképek készítése terén elért eredményeket hasznosító, génalapú antitest-gyógyszerek fejlesztéséhez. A projekt a klinikai kísérletek lebonyolítására és az új gyógyszerek gyakorlati alkalmazásának elősegítésére is kiterjed.
A gyógyszerkutatás történetében most először használják fel a molekuláris dinamikát mesterséges antitest-gyógyszerek tervezéséhez oly módon, hogy számítógépes úton szimulálják a ráksejt részét képező antigének (fehérjék) és az antitestek (fehérjék) közötti kölcsönhatást. Az RCAST módszertana szerint mintegy tízszer annyi számítást végeznek el, mint az egyszerűbb molekulák és fehérjék kölcsönhatását modellező, hagyományos IT-alapú gyógyszerfejlesztési szimulációknál. Ezért a kutatók olyan szuperszámítógépet kerestek, amely rövid időn belül képes nagy mennyiségű számítást végrehajtani.
Az RCAST arra számít, hogy az új szuperszámítógéppel néhány hónapon belül meg tudja tervezni a mesterséges antitesteket, ami jelentős előrelépés a régebbi szimulációs módszereknél megszokott, legalább 3-4 éves tervezéshez képest.
Az új szuperszámítógép-rendszer
Az új szuperszámítógépes fürtöt 300 PRIMERGY BX922 S2 pengeszerver-node alkotja. Mindegyik node két Intel Xeon X5650 processzort tartalmaz, így a teljes rendszer 600 CPU-val, összesen 38,3 teraflop elméleti csúcsteljesítmény elérésére képes[1]. A node-ok közötti kommunikációt irányító interconnect egység 4 GB/s átviteli sebességre képes InfiniBand QDR hálózati interfésze rendkívül gyors párhuzamos számításokat tesz lehetővé. Adattárolási szempontból a rendszer öt ETERNUS DX80 lemeztömbbel rendelkezik, ami 1 petabájt tényleges RAID6 kapacitást jelent.
1 Teraflop: egybillió lebegőpontos művelet másodpercenként
